Aplikacja mobilna KSeF to narzędzie dostępne na urządzeniach przenośnych z oprogramowaniem Android lub iOS. Rozwiązanie stworzone i rozwijane przez Ministerstwo Finansów jest całkowicie bezpłatne, a przedsiębiorcy mogą przy jego użyciu m.in. zarządzać dokumentami handlowymi (e-fakturami), nabywcami oraz rachunkami bankowymi. Co więcej, aplikacja mobilna KSeF została od razu udostępniona w wersji produkcyjnej.